En el paso de Misterio se representa los azotes que los flagelantes le dieron a Cristo, cumpliéndose así la orden de Pilatos, que le había condenado al castigo de la flagelación, tormento éste que se aplicaba a los condenados a muerte.

En el paso de misterio aparecen, naturalmente, dos sayones que azotan al Señor , colocados en el primer tramo del paso. En el centro, de pie, aparece Pilatos contemplando el castigo . Al fondo, dos soldados, portando lanzas y escudos. En los primeros años de la Cofradía, estas imágenes no sagradas eran sevillanas, adquiridas en la capital hispalense. Pero en 1940, la Junta de Gobierno decidió que Ramon Chaveli tallara unas esculturas más acordes con la imagen del Señor. El imaginero valenciano cumplió el encargo y de él son estas cinco figuras que aparecen en la actualidad en el paso de Misterio, las cuales fueron estrenadas en 1941.

El artista valenciano plasmó de nuevo aquí el ensañamiento que se produjo en el cuerpo de Cristo por parte de sayones que se turnaban en la ronda del castigo. Los azotadores de Jesús fueron, con probabilidad, hombres de barba rala y baja estatura, que esgrimían con toda sus fuerzas y que se azuzaban a sí mismos con gritos bestiales. Empuñarían bastones de cuyo extremo nacían lenguas de cuero que terminaban, a su vez, en escorpiones de metal macizo y punzante. Todo ello no está descrito en los Evangelios, pero ha sido llevado a la realidad gracias a las tallas magistrales de Chaveli: no se ha resaltado, como en los Judíos del paso de Misterio del Señor de las Penas de San Mateo que son del mismo autor, la fealdad de estos personajes, sino su extremada y refinada crueldad. Con pocos recursos, consiguió Chaveli representar la barbarie de esta escena, contraponiéndose la violencia y el dinamismo de los dos sayones a la quietud y pasividad indiferente de Pilatos y los dos soldados romanos.

Todas las imágenes del conjunto no son de vestir, sino que la propia vestidura ya viene tallada en la misma figura, más al estilo castellano, que el propio andaluz que gusta más de vestir las imágenes. Este es un concepto barroco, de finales del XVIII, que es cuando se da en la zona castellana el gran auge de los Misterios.

El piso del paso está decorado a modo de locetas, simulando un patio. También, como elemento decorativo y simbólico de la escena, aparece como parte del conjunto, un sillón romano y sobre él, la capa o manto, cetro y corona para la presentación burlesca de Jesús, tras la flagelación, en el lugar denominado "lithóstrotos".

El paso fue ejecutado en su parte de carpintería en 1947 por Juan Luis Rodríguez Contreras y tallado y dorado en los talleres del artista portuense, afincado en Sevilla, José Ovando Merino y sigue la línea del paso de misterio de la Hermandad de la Amargura de Sevilla, el Desprecio de Herodes, que a su vez sigue las trazas de la peana de palio de Nuestra Señora del Mayor Dolor y Traspaso de la Cofradía sevillana del Gran Poder que es del siglo XVIII. En este caso el tema está interpretado con un poco más de libertad, ya que la peana original, con esos labrados del XVIII, tiene un dibujo más entrecortado que el de los motivos de la cresteria que recorre la parte superior de este paso de Jerez. El dibujo del paso está compuesto por una serie de molduras que van superponiéndose , mientras que generalmente los pasos actualidad suelen estar compuestos a base de enroleos o de hojas de cardilas que van envolviendo y moviendose con formas redondeadas. Alrededor de su canastilla tiene ocho medallones tallados con distintos motivos de la Pasión . Las dimensiones de las andas son 237 cms. de ancho por 560 de largo y 152 de alto, llegando a alcanzar la canastilla los 210 de alto. El paso fue dorado por José Ovando y en el mismo taller de Ovando se talla y dora el sillón del pretor estrenandose en 1952. El paso tenía 6 candelabros, y aunque eran del mismo estilo que los respiraderos y la canastilla, churrigueresco, les faltaba la gracia y el movimiento que tiene el conjunto. Cuatro nuevos candelabros para las esquinas del paso, obra de Manuel Guzmán Bejarano, fueron estrenados en 1993, y dorados por el jerezano Rodrigo Daza los dos delanteros en 1993 y los traseros en 1994. Tienen en total 42 puntos de luz y una altura de 1,60 metros. Son menos rígidos de composición y se balancean con bastante gracia cuando el paso avanza. Los antiguos, más bajos, tenían 34 luces. En el año 2001 estrenó unos nuevos candelabros pequeños para el paso de Misterio, obras de Manuel Guzmán Bejarano y dorado de Verdugo. Los faldones son de terciopelo de Lyon, rojo, de 1986.